甲基化检测

（1）简介

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。Bisulfite甲基化测序是以新一代高通量测序平台为基础，结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术，进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。

（2）分析内容

（3）结果展示：

碱基类型分布

碱基类型分布检查用于检测有无AT、GC分离现象。若无bisulfite处理，高通量所测序列为基因组随机打断后的DNA片段，由于位点在基因组上的分布是近似均匀的，同时，G/C、A/T含量也是近似均匀的。全基因组甲基化项目中经过bisulfite处理后的基因组中大部分的C位点变成T位点，因此其中一条链出现T的含量增加而C的含量剧减，同时对应的反向链出现A的含量增加而G的含量减少。

5mC检测

5mC的检测主要使用Bismark软件工具包实现。由于样品经过重亚硫酸处理，基因组上所有的未甲基化的C位点转换成了U；经过PCR扩增U->T;即基因组上未甲基化的C转化成了T；而原本甲基化的C；没有改变；相应的负链G->A;bismark是专门用于甲基化处理的比对软件；他会对reads进行转变；根据Clean Reads在参考基因组的最佳的比对结果，提取全基因组胞嘧啶（C）位点的比对碱基信息，最终得到5mC位点覆盖统计。

染色体水平甲基化分布图谱

在每条染色体上，以100K大小为一窗口来计算每个窗口的甲基化水平，继而从染色体水平描述甲基化 C 碱基的分布情况，绘制全基因组染色体水平甲基化图谱，可以很直观的呈现出染色体某个区域甲基化水平。

高甲基化CGI区域注释

对高甲基化密度的CGI区域进行注释，区域甲基化水平大于0.7我们认为是高甲基化的CGI区域；同时我们把覆盖度大于5X的C位点认为是可信度较高的位点，去除CGI 区域内可信度较高的C位点的比例小于0.1的CGI区域；对剩下的区域进行注释；取基因上游3000bp为promoter区,进行overlap注释。

DMR相关GO基因分类注释

DMR相关基因GO注释分类统计图，直观的反映出在生物过程（biological process）、细胞组分（cellular component）
和分子功能（molecular function），所有基因和差异基因注释GO term的个数分布。可深入挖掘DMR相关基因的功能及所在的信号通路，筛选关注差异基因注释情况。

DMR关联基因代谢通路分析

生物体内，某些基因位点受到甲基化修饰之后，会影响该基因的表达，从而改变生物学表型。因此，对DMR关联基因分别进行GO和KEGG注释及富集分析，有助于深入挖掘甲基化修饰引起的生物学功能变化。