circRNA pull down

（1）技术原理

circRNA pull down是研究circRNA与蛋白相互作用的技术。

目前，circRNA pull down技术绝大部分是基于接口序列设计探针捕获circRNA及其结合蛋白。由于受限于接口处序列特征，很多circRNA无法设计出理想的探针，最终导致实验失败。 我公司开发了一种新型的circRNA pull down方法，通过构建circRNA过表达载体，使circRNA连上一段16nt的短RNA序列标签（命名为F2），该标签与其特异性配体具有很强的亲和力，因此可利用该系统高效调取靶RNA序列及其结合蛋白。最终通过western blot或LC-MS/MS实验检测洗脱液中靶RNA的潜在结合蛋白，还可通过qPCR实验检测能够结合靶circRNA的miRNA。

（2）技术优势

1）由于F2标签是跨接口设计，只有当形成circRNA时才能保证F2标签的完整性，因此可以有效去除线性基因的背景干扰；

2）F2与其特异性配体的高亲和力，保证了该系统能够非常高效的调取circRNA及其结合蛋白，并且捕获特异性更强。

3）不受限于circRNA接口处序列，适用范围更广。

4） circRNA pull down结合质谱的方法能够高通量的筛选与靶circRNA结合的蛋白。

（3）应用范围

1）靶circRNA结合蛋白的验证或筛选；

2）靶circRNA结合miRNA的验证。