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circRNA pull down

(1)技术原理

circRNA pull down是研究circRNA与蛋白相互作用的技术。

目前,circRNA pull down技术绝大部分是基于接口序列设计探针捕获circRNA及其结合蛋白。由于受限于接口处序列特征,很多circRNA无法设计出理想的探针,最终导致实验失败。 我公司开发了一种新型的circRNA pull down方法,通过构建circRNA过表达载体,使circRNA连上一段16nt的短RNA序列标签(命名为F2),该标签与其特异性配体具有很强的亲和力,因此可利用该系统高效调取靶RNA序列及其结合蛋白。最终通过western blot或LC-MS/MS实验检测洗脱液中靶RNA的潜在结合蛋白,还可通过qPCR实验检测能够结合靶circRNA的miRNA。

(2)技术优势

1由于F2标签是跨接口设计,只有当形成circRNA时才能保证F2标签的完整性,因此可以有效去除线性基因的背景干扰;

2F2与其特异性配体的高亲和力,保证了该系统能够非常高效的调取circRNA及其结合蛋白,并且捕获特异性更强。

3)不受限于circRNA接口处序列,适用范围更广。

4) circRNA pull down结合质谱的方法能够高通量的筛选与靶circRNA结合的蛋白。

(3)应用范围

1)靶circRNA结合蛋白的验证或筛选;

2)靶circRNA结合miRNA的验证。

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