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Small RNA测序

(1)简介

Small RNA:又称为小RNA,包括microRNA,siRNA,piRNA三类,属于非编码RNA。Small RNA测序一般收集样本中18-40nt的片段进行测序分析,研究特定组织在特定状态下的所有已知smallRNA,也可以发现新的smallRNA并预测其靶基因。

(2)应用领域

l                      细胞分化和发育研究

l                      调控机理研究

l                      疾病标志物查找

l                      疾病分子诊断

l                      基因药物研发

(3)技术路线

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(4)技术参数

1)样本要求

新鲜动物组织:≥0.5g

新鲜培养细胞:≥1×107个

新采集的全血:≥8ml

PAXgene 采血管:≥3管

RNA要求:

样品浓度:≥100 ng/ul

样品体积:>10ul

样品总量:>3ug

样品纯度:RIN≧6.8 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1

2)测序策略:SE50

3)推荐数据量:10M

4)测序平台:Novaseq

(5)参考文献
Wang Yanbo,Chen Zhang-Peng,Hu Huanhuan et al. Sperm microRNAs confer depression susceptibility to offspring.[J] .Sci Adv, 2021, 7: undefined.


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