全转录组测序

（1）产品概述

转录组，广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA，rRNA，tRNA以及其他non coding RNA，狭义上指mRNA 集合。

转录组测序，利用高通量测序技术，全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。

（2）应用领域：

◆ 肿瘤的发生发展机制

◆ 复杂疾病的分子机制

◆ 药物作用靶点及机制研究

◆ 胚胎发育研究

◆ 环境毒理研究

（3）技术路线

（4）研究内容

（5）技术参数

1）样本要求

新鲜动物组织：≥0.3g

新鲜培养细胞：≥5×106个

新采集的全血：≥5ml

PAXgene 采血管：≥2管

RNA要求：

样品浓度：≥50 ng/ul

样品体积：>10ul

样品总量：>2ug

样品纯度：RIN≧6.5 (动物)、6（植物、真菌），OD260/280≧1.8，OD260/OD230≧1

2）测序策略：PE150

3）推荐数据量：6G以上

4）测序平台：Novaseq，MGIseq2000

（6）研究结论

急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤，本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达，SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡，增加动物存活率。为阐释具体作用机制，作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接，而MYC也会因剪接效率低而显著下调，相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。

之前研究表明MYC是NOTCH1下游重要的靶基因， 但NOTCH1调控MYC的机制尚不清楚。本研究发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达，进而调控MYC表达。综上所述，本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用，也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路，为 MYC基因的表达调控提供了新的见解。

图1.SHQ1的缺失影响pre-mRNA的剪接效率

（7）参考文献

Su Hexiu,Hu Juncheng,Huang Liang et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival.[J] .Nat Commun, 2018, 9: 4281.