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ChIP-Seq

(1)技术简介
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。
中子医学提供的ChIP-Seq服务,将ChIP和高通量测序技术结合,在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力,中子医学提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。
(2)优势
一站式服务:
客户只需提供细胞或组织,中子医学为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。
严格的质控:
严格的质控是ChIP-Seq实验成功的前提。中子医学对ChIP-Seq实验的各个环节进行严格的质控,尽可能地降低实验风险。
优化的ChIP流程:
ChIP富集效率是ChIP-Seq成败的关键,中子医学采用商业化ChIP试剂盒和优化的实验流程,确保客户获得优 质的数据。
专业的生物信息学分析:
中子医学具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。
(3)样本要求
样品类型:
组织,细胞样品或IP富集DNA。其它类型样品请详询。
样品量:
a)细胞 5×108
b)组织 1 g
c)IP富集DNA至少10 ng
样品运输及保存:
样品运输:干冰运输,DNA可冰袋运输;
样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成5-10 mg的小块),-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。DNA可短期-20℃保存。
(4)数据分析(下列有※表示个性化分析)
1)蛋白因子富集峰(peak)识别※
利用流行的MACS软件进行峰识别,默认P < 10-5识别基因组上的蛋白因子富集峰。

蛋白因子富集峰(peak)识别

2)蛋白因子富集峰(peak)注释※
将富集峰与邻近的基因联系起来,以推断蛋白因子对邻近基因表达的影响。


蛋白因子富集峰(peak)注释

3)蛋白因子reads散点图※
以散点图形式展示两个(或两组)样品间的reads分布,以从整体上查看样品间的蛋白因子富集情况。

蛋白因子reads散点图


4)启动子区信号分布※
蛋白因子通常结合在基因的启动子区,从而调控基因表达。通过绘制转录起始位点(TSS)周围的信号分布,可以直观地了解蛋白因子在启动子区的富集偏好性。

启动子区信号分布

5)蛋白因子结合位点(motif)预测※
转录因子往往有特定的DNA识别序列,motif分析可以帮助验证或推断该蛋白因子的DNA结合motif。

白因子结合位点(motif)预测


6)Reads的分布※
使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS,genebody,TES 等位点的分布情况,可以用来观察 RNA 甲基化对 TSS 等位点是否有偏好。


Reads的分布


7)启动子富集峰对应基因的GO和信号通路分析
对启动子富集峰对应的基因进行GO和信号通路分析,以推断蛋白因子的功能和参与的信号通路。


启动子富集峰对应基因的GO和信号通路分析



分子生物学实验