ChIP-Seq

（1）技术简介
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术，被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。
中子医学提供的ChIP-Seq服务，将ChIP和高通量测序技术结合，在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力，中子医学提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。
（2）优势
一站式服务：
客户只需提供细胞或组织，中子医学为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。
严格的质控：
严格的质控是ChIP-Seq实验成功的前提。中子医学对ChIP-Seq实验的各个环节进行严格的质控，尽可能地降低实验风险。
优化的ChIP流程：
ChIP富集效率是ChIP-Seq成败的关键，中子医学采用商业化ChIP试剂盒和优化的实验流程，确保客户获得优 质的数据。
专业的生物信息学分析：
中子医学具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。
（3）样本要求
样品类型：
组织，细胞样品或IP富集DNA。其它类型样品请详询。
样品量：
a）细胞 5×108
b）组织 1 g
c）IP富集DNA至少10 ng
样品运输及保存：
样品运输：干冰运输，DNA可冰袋运输；
样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块），-80℃保存，样品保存期间避免反复冻融。DNA可短期-20℃保存。
（4）数据分析（下列有※表示个性化分析）
1）蛋白因子富集峰（peak）识别※
利用流行的MACS软件进行峰识别，默认P < 10-5识别基因组上的蛋白因子富集峰。

2）蛋白因子富集峰（peak）注释※
将富集峰与邻近的基因联系起来，以推断蛋白因子对邻近基因表达的影响。

3）蛋白因子reads散点图※
以散点图形式展示两个（或两组）样品间的reads分布，以从整体上查看样品间的蛋白因子富集情况。

4）启动子区信号分布※
蛋白因子通常结合在基因的启动子区，从而调控基因表达。通过绘制转录起始位点（TSS）周围的信号分布，可以直观地了解蛋白因子在启动子区的富集偏好性。

5）蛋白因子结合位点（motif）预测※
转录因子往往有特定的DNA识别序列，motif分析可以帮助验证或推断该蛋白因子的DNA结合motif。

6）Reads的分布※
使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS，genebody，TES 等位点的分布情况，可以用来观察 RNA 甲基化对 TSS 等位点是否有偏好。

7）启动子富集峰对应基因的GO和信号通路分析
对启动子富集峰对应的基因进行GO和信号通路分析，以推断蛋白因子的功能和参与的信号通路。